Ο Σταύρος B. Θωμαδάκης είναι Ομότιμος Καθηγητής χρηματοοικονομικής επιστήμης του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών και διδάσκει στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα Χρηματοοικονομικής και Εφαρμοσμένης Οικονομικής του ίδιου Τμήματος.
Η διδασκαλία του περιλαμβάνει τα μεταπτυχιακά μαθήματα «Χρηματοοικονομική Ανάλυση», «Μικροοικονομική Τραπεζική», «Θεσμοί και Ρύθμιση των Αγορών Κεφαλαίου».
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εκτείνονται σε θέματα ρύθμισης των αγορών με σκοπό την αποτελεσματικότητα και την σταθερότητα, ανάπτυξης διεθνών προτύπων και υποδομών για την διακυβέρνηση των αγορών, εταιρικής διακυβέρνησης στον ιδιωτικό και δημόσιο τομέα, ιστορίας των κρίσεων και των θεσμικών διαρρυθμίσεων στις αγορές κεφαλαίου, τραπεζικής ανάλυσης και εποπτείας.
Εκτός από τα πανεπιστημιακά του καθήκοντα έχει μακρά θητεία ως δημόσιος λειτουργός σε εθνικούς και υπερεθνικούς οργανισμούς με κυριότερες την προεδρία της Επιτροπής Κεφαλαιαγοράς κατά την περίοδο συγκρότησης του θεσμού 1996-2004 και την προεδρία της Ευρωπαϊκής Περιφερειακής Επιτροπής της IOSCO (Διεθνούς Οργανισμού Εποπτικών Αρχών της Κεφαλαιαγοράς). Κατέλαβε επίσης τη θέση του πρώτου προέδρου του Public Interest Oversight Board που δημιουργήθηκε το 2005 υπό την αιγίδα των οργανισμών IOSCO, Basel Committee, European Commission, World Bank και IFAC για την εποπτεία των διεθνών προτύπων ελέγχου, εκπαίδευσης και δεοντολογίας των ορκωτών ελεγκτών.
Σήμερα είναι πρόεδρος του Συμβουλίου του Πανεπιστημίου Αιγαίου, μέλος της Ανώτερης Συμβουλευτικής Επιτροπής της ESMA (Ευρωπαϊκής Αρχής Εποπτείας των Αγορών Κεφαλαίου) και μέλος του Ελληνικού Συμβουλίου Εταιρικής Διακυβέρνησης.